感染科独立设置于1999年，2009年6月被确定为淳安县医学重点学科，目前是我县传染病和公共卫生事件的诊断、治疗与教学、科研中心。

 目前科室共有临床医师9名，主任医师1名，副主任医师4名，主治医师1名，住院医师2人（含规培1人），返聘医师1名，护士23名。是一支技术精湛、服务优质的团队。多人多次赴浙一医院、市六医院、上海市公共卫生中心、浙江省人民医院感染科进修学习。

感染科病区布局设置独立，环境优越，共分5层。一楼门诊部开设肺结核门诊、发热门诊、肠道门诊等专科门诊，功能齐全，配有独立的挂号、收费、药房、门诊及化验室、CT室。并有结核门诊专职医师1人，门诊专职护士7名。星期一至星期五均有副主任以上医师做诊专科门诊。二楼收感染性疾病病人。三楼收治肺结核。目前核定开放正式病床45张。4-5层为突发传染病备用病房。

感染科主要收治各种类型肺结核及其并发症、合并症，各种原因的腹泻，病毒性肝炎，脂肪肝、肝功能异常原因待查和不明原因发热的鉴别，各种传染病的诊断和治疗。同时承担了我县大量公共卫生工作。特别是2020年不但承担了医院隔离病房，发热门诊的诊疗工作，还派出2名医护人员参加援鄂医疗队，获得了多项省市级荣誉，为疫情防控工作，做出了巨大的贡献。